Zusatzstoffe stehen häufig im Verdacht, Allergien zu verursachen oder in ihrer Wirkung zu verstärken. Kribbeln im Mund, Ausschlag oder Durchfall können die Symptome einer Allergie sein. Allerdings bestätigt auch der Deutsche Allergie- und Asthmabund e.V. auf Basis von Aussagen führender Wissenschaftler, dass Zusatzstoffe als Allergieauslöser zumeist erheblich überschätzt werden. Trotzdem sollte bei Nahrungsmittelallergikern, Säuglingen, Kleinkindern und Patienten mit Stoffwechselkrankheiten besonders auf die einzelnen Zusatzstoffe geachtet werden. Bei Schwefeldioxid und Sulfiten ist bekannt, dass sie sogenannte Pseudoallergien hervorrufen können: Dabei treten allergieähnliche Symptome auf, allerdings können Betroffene geringe Mengen des jeweiligen pseudoallergischen Stoffes essen, ohne dass Krankheitssymptome auftreten.
Prinzipiell kann jedes Lebensmittel eine Allergie auslösen. Zusatzstoffe sind allerdings nicht – wie oft vermutet – die häufigsten Auslöser, sondern natürliche Lebensmittel wie Kuhmilch, Hühnerei und Nüsse. Rund ein bis zwei Prozent der Erwachsenen und drei bis acht Prozent der Kinder leiden unter einer „echten“ Lebensmittel-Allergie. „Echt“ bedeutet: Der Körper reagiert mit einer übersteigerten Abwehrreaktion auf einzelne Lebensmittel, deren Eiweiße wie unerwünschte Eindringlinge bekämpft werden. Solche „echten“ Allergien führen zu Reaktionen der Haut oder der Schleimhäute in Nase, Augen, Rachen, Magen oder Darm.